Grad Zagreb obiluje sakralnim objektima koji su kroz svoju povijest i sadašnjost ostavili veliki pečat na gradski život. Sakralni objekti uz svoju osnovnu funkciju bogoslužja, postali su i neizostavan dio gradske kulturne,umjetničke i turističke svakodnevnice. Jedan od takvih objekata svakako je i crkva sv.Katarine na istoimenome trgu u Gornjem gradu. Riječ je o jednoj od naljepših baroknih crkava u Hrvatskoj. Povijest ove crkve je doista duga tako da bi se pojedini dijelovi te povijesti mogli nazvati i prapovješću. U prvoj polovici 14.stoljeća Dominikanci su u neposrednoj blizini mjesta na kojemu je danas smještena crkva imali svoju kuću. Točnije u jugoistočnome kutu Gradeca. Već 1377.g odine se spominje gradnja kapele sv.Katarine. Taj gornjogradski samostan zajedno sa kapelom sv.Katarine pripadao je dominikanskom samostanu s crkvom sv.Nikole u Vlaškoj ulici. U 16.stoljeću (oko 1560. godine) Dominikanci odlaze iz Zagreba. Crkvu su gradili i opremali Isusovci između 1620. godine i 1773.godine , tj.dok Papa Klement XIV. nije ukinuo Družbu Isusovu. Do tada su Isusovci crkvu uz pomoć bogatih donacija vrlo raskošno opremili brojnim oltarima, freskama i štuko-dekoracijama, a u njoj su i pokopani brojni uglednici. U vrijem Isusovaca crkva sv. Katarine je bila središte crkvenog života grada Zagreba. U njoj i oko nje su se odvijale mnogobrojne procesije i svečanosti. Bratovštine i kongregacije okupljale su građane i plemenitaše i ostale građene koji su bili polaznici isusovačkih škola,koje je nakon odlaska Isuovaca pruzela država. Po nekadašnjoj Akademiji sv. Katarine crkvu se i danas naziva akademska crkva, te se u njoj i danas rado okupljaju studenti.
Današnji muzej Klovićevi dvori nekada je bio pripadajući samostan. Građevinski gledano radi se o jednobrodnoj građevini sa po tri pobočne kapele na svakoj strani,te protranim svetištem koje završava sravnom zidnom plohom. Temelj crkve položio je zagrebački biskup Petar Domitrović 20 svibnja 1620.g. Na temelju je stajao natpis ”Da su gradnju crkve omogučili car i kralj Ferdinand II ,gđa. Eufrozina Palfy i rizničar kraljevine Slavonije Petar Gall”. Sam tlocrt crkve gotovo je identičan crkvi Il Gesu u Rimu.Pretpostavlja se da je crkvu gradio graditelj Hans Alberthall obzirom da je on gradio Isusovačke crkve po Austriji, te nekadašnji južni zvonik zagrebačke katedrale. Samu gradnju je vodio isusovački brat Juraj Jaszi.
Crkveni interijer bio je odlično opremljen ali je nestao u plamenu velikog Zagrebačkog požara 1645. godine. Zahvaljujući dobročiniteljima crkva je obnovljena ali opet je stradala u novom požaru 1674. godine te su ostali samo goli zidovi i svod. Nakon nove obnove crkva je u glavnome zadržala izgled kojim ima i danas.Obzirom da je Papa 1773. godine rapustio isusovački red odredbom cara i kralja Josipa II. Crkva sv.Katarine podređuje se župniku sv.Marka na Gradečkom brdu. U potresu koji je pgodio grad Zagreb 1880. godine crkva je ponovno teško stradala. Prema zamisli arhitekta Hermanna Bolea (nacrte su potpisali Ferdo Stejskal i Alfred Kappner) pročelje je dobilo sadašnji oblik,a obnova je financirana sredstvima kraljevine (sumptibus Regni) a što je zapisano na spomen ploči iznad portal na ulazu u crkvu. Godine 1893. sakristiju je zadesio novi požar. Crkva je temeljito obnavljana od 1967. do 1992. godine, a obnovu je vodio Restauratorski zavod Hrvatske te crkva od tada do danas sjaji istim sjajem i privlači vjernike i turiste sa svih strana svijeta.